Die katholische Gemeinde in Frankfurt (Oder) musste im 19. Jahrhundert lange um den Bau einer eigenen Kirche kämpfen. Erst nach einer Beschwerde beim Ministerium für öffentliche Arbeiten wurde die Genehmigung erteilt. Schließlich erfolgte 1897 die Grundsteinlegung und 1899 die Weihe (Architekt: Engelbert Seibertz). Es entstand ein dreijochiger Saalbau mit Südwestturm im neugotischen Stil.
Der Einbau der Orgel 1901-02 (46 Register) erfolgte wiederum durch die Frankfurter Firma Wilhelm Sauer. Die Kirche besitzt vier Glocken.
Ab 1967 wurde der Kirchenraum grundlegend umgestaltet (Architekt: Artur Becker). Dabei entstand eine neue Farbverglasung mit dem Thema "Einbruch des Lichtes Gottes in die Welt".
Interessant ist der von einer Schülerin von Karl-Schmidt-Rottluff gestaltete Kreuzweg, der die Hochhäuser von Frankfurt (Oder) thematisiert.
Die Orgeln sind die mit Abstand wertvollsten Ausstattungsstücke der Pfarrkirche Zum Heiligen Kreuz. Auf die große Orgel musste noch zwei Jahre gewartet werden, bis nach der Einweihung der Kirche 1899 die Finanzierung der Kosten von 18.000 Mark gesichert war. Die kleine Orgel aus der Kirche in der Regierungsstraße konnte den 13.000 Kubikmeter großen Raum nicht annähernd beschallen. Zeitzeugen bezeichneten ihren Klang und ihr Aussehen als “jämmerlich”.
Am Heiligen Abend 1901 erklang das Opus 860 des Hoforgelbaumeisters Wilhelm Sauer zum ersten Mal in der Christnacht. Der Prüfbericht des Königlichen Musikdirektors und Domkapellmeisters Max Filke vom 18.01.1902 bescheinigte der Orgel in allen Punkten beste Noten. Neben der handwerklich exakten Ausführung wird die Wirkung des Gesamtwerkes als “mächtig” und die Klangfülle als “groß” bezeichnet, wodurch die Orgel in der Lage sei, einen volltönenden Volksgesang in der gefüllten Kirche voll zu beherrschen und zu leiten. Grund dafür waren die 46 klingenden Stimmen (Register) mit ihrem “Salz in der Orgel”, den 4 Zungenstimmen (Trompete 8' und Posaune 16' im Pedal, Trompete 8' im Hauptwerk und Coranglais 8' im II.)
Die Konstruktion entsprach der damals üblichen und kostengünstigeren Pneumatik mit Kegellade. Dafür nahm man eine für die Pneumatik typische Verzögerung zwischen dem Anschlag des Tones und seinem Erklingen in Kauf, die sich besonders im Pedal noch heute bemerkbar macht.
